eplmi–大规模lncrna-microna相互作用分析

miRNA和lncRNA的相互作用被认为对基因调控非常重要。然而,在分析已知相互作用和预测未知相互作用方面,并没有开发出多少计算方法。鉴于现在有更多的证据表明lncrna-microRNA相互作用与它们在滴定机制中的相对表达水平密切相关,研究人员来自香港理工大学分析了已知lncRNA-miRNA相互作用的大规模表达谱模式。从这些未发现的模式,他们注意到lncrna倾向于与表达谱xf187 PT游戏相似的mirna相互作用,反之亦然。

通过将已知的lncRNA和miRNA之间的相互作用表示为二部图,研究人员在这里提出了一种技术,叫EPLMI,从这样一个图中构造一个预测模型。EPLMI的任务基于这样的假设:彼此高度相似的lncrna往往与mirna具有相似的相互作用或非相互作用模式xf187 PT游戏,反之亦然。利用lncRNA-miRNA相互作用的最新数据集,对所构建的预测模型的有效性进行了评价。结果表明,基于LOOCV和5倍交叉验证,预测模型的AUC分别为0.8522和0.8447±0.0017。使用这个模型,研究人员表明,lncRNA与小RNA的相互作用可以可靠地预测。他们还表明,他们可以使用它来选择特定mirna将与之相互作用的最可能的lncRNA靶点。他们认为EPLMI发现的预测模型可以为进一步研究ceRNA调控网络提供重要的思路。

lncrna EPLMI预测流程流程图

可利用性-Matlab代码和数据集可在网址:https://github.com/yahuang1991polyu/eplmi/.

黄亚陈凯你古银。(2017) 从大规模lncRNA-miRNA相互作用谱的表达谱构建预测模型. 生物信息学[Epub before print]。( 摘要]

留下一个回复

您的电子邮件地址将不会发布。必填字段被标记*

*