LncFinder -一个用于长链非编码RNA识别的集成平台兴发亚洲唯一官方网站

发现新的长链非编码rna (lncrna)兴发亚洲唯一官方网站是lncrna相关研究的一个基本步xf187 PT游戏骤。如今,许多基于机器学习的lncRNA识别工具已经开发出来。然而,许多方法仅使用序列衍生特征预测lncrnaxf187 PT游戏,在不同物种上表现不稳定。此外,大多数工具不能被用户重新训练或定制,功能也不能被定制或集成以满足研究人员的需求。

在这项研究中,的研究人员吉林大学综合评价序列内在成分提取的特征,二级结构及理化性质。为了提高lncRNA识别的性能,促进lncRNA识别的研究,开发了LncFinder集成平台。LncFinder包含了一个新的lncRNA预测器,使用了研究人员设计的异质性特征。实验结果表明,该方法在多个物种上均优于现有的几种检测工具,具有较好的鲁棒性和较好的检测效果。研究人员还可以使用LncFinder来提取各种经典特征,利用多种机器学习算法构建分类器,并对分类器性能进行有效评估。LncFinder可以从多个角度揭示lncRNA和mRNA的性质,进一步启发lncRNA-protein相互作用预测和lncRNA进化分析。预计LncFinder可以显著促进lncrna相关研究,特别是对那些尚未开发的物种。

本研究的框架

rna-seq

我们实验中使用的数据集来自GENCODE和bl。每个基因只使用一个转录本。除了序列内在组成,利用两种特征选择方案,从多尺度的二级结构和基于eiip的理化性质中提取特征。用10倍CV和ROC曲线求值,得到了最优特征组合和机器学习算法,开发了一种新的lncRNA识别方法。该方法以五种常用工具为基准,它最终被包含在LncFinder中,这是一种非常灵活的lncRNA识别和分析软件包。LncFinder作为R包和web服务器发布。

可用性- LncFinder作为R包发布(https://CRAN.R-project.org/package=LncFinder)。web服务器(http://bmbl.sdstate.edu/lncfinder/),以尽量提高其实用性。

汉,梁Y,妈妈问,徐Y,张Y,杜W,王C,李Y。(2018) LncFinder:一个利用序列内在组成进行长链非编码RNA识别的集成平台,兴发亚洲唯一官方网站结构信息和理化性质短暂Bioinform[Epub before print]。( 文章]

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