长非编码RNA介导的转录网络干扰的lncmap–泛癌图谱

基因调控网络干扰有助于癌症的发展和进展,然而,介导转录扰动的分子决定因素仍然是癌症生物学的一个基本挑战。研究人员德克萨斯大学安德森癌症中心医学博士结果表明,通过将全基因组转录调控与成对的lncrna和基因表达谱相结合,长非编码RNA(lncrnas)广泛介导转录扰动。xf187 PT游戏在泛癌(lncmap)中系统构建lncRNA调节剂图谱揭示了不同类型的lncRNA调节分子,在多个组织中表达,表现出更高的保护性。引人注目地,具有相似组织来源的癌症共享干扰细胞周期和免疫反应相关功能调节的lncRNA调节剂。此外,研究人员鉴定了大量具有潜在临床意义的泛癌lncRNA调节剂。它们在癌症中有不同的表达,或者与跨细胞株的药物敏感性有很强的相关性。根据lncrna介导的转录干扰进一步对癌症患者进行分层,确定具有不同生存率的亚型。最后,他们制作了一个用户友好的网络界面,用于研究不同癌症类型的lncrna介导的转录干扰。这项研究提供了一个系统层面的癌症中lncrna介导的调节性干扰的解剖。为研究lncRNas在癌症中的作用提供了一种有价值的工具和资源。xf187 PT游戏

一个整合的框架确定了广泛的lncRNA介导的
泛癌的转录网络干扰

LNCRNA

)在不同癌症类型中观察到全球转录网络干扰。基于所提出的lncmod方法,分析了介导网络扰动的全局lncRNA调制子。针对不同的功能特性,对识别出的调节剂进行了分析。包括癌症特异性,微分表达式,癌症标志,药物活性和临床协会。()识别不同癌症类型的lncRNA调节剂的框架。首先,TF-基因调控是根据芯片序列数据集确定的。第二,运用回归分析方法,确定基于基因表达的环境特异性调控。下一步,用改进的lncmod方法发现了lncRNA介导的每种癌症类型的转录网络干扰,并进一步分类为6种调控模式。

可利用性–可以使用用户友好的lncmap Web界面:http://www.bio-bigdata.com/lncmap

李YLi LWang Z潘特萨尼Jin XWang GLi JZheng XZhang YXu J伊斯,李旭。(2018) 长非编码RNA介导的转录网络干扰的泛癌图谱. 核酸研究[印刷前电子版]。[ 文章]

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