lncRNA基因签名预测乳腺癌固有亚型和预后

乳腺癌本质上是异质性的,通常分为四种主要亚型,其生物学特征和临床结果各不相同。然而,现有的数据资源和方法在识别蛋白编码基因的分子分型方面存在局限性,关于长链非编码rna (lncrna)的作用我们知之甚少,xf187 PT游戏兴发亚洲唯一官方网站占整个基因组的98%xf187 PT游戏lncrna也可能在癌症患者亚群中发挥重要作用,并与临床表型相关。

本项目的目的是识别与乳腺癌亚型和临床结果相关的lncRNA基因签名。研究人员密西西比大学鉴定的lncRNA基因签名来自癌症基因组图谱(TCGA)通过优化的1范数支持向量机特征选择算法获得的与乳腺癌亚型相关的RNAseq数据。我们使用半监督主成分(superPC)方法评估了这些基因签名的预后表现。

虽然lncrna可xf187 PT游戏以独立预测乳腺癌亚型,准确性令人满意,结合编码基因和非编码基因的联合基因标记具有最佳的临床相关预测性能。兴发亚洲唯一官方网站研究人员强调了与生存结果显著相关的8种潜在生物标志物(3种来自编码基因,5种来自非编码基因)。兴发亚洲唯一官方网站

使用选定的29个非编码可视化乳腺癌亚型兴发亚洲唯一官方网站

lncRNA

(一个)及36个“全部”(b) 839例TCGA RNAseq训练集的基因特征;基于ROC曲线的29种非编码预测精度的敏感性和特异性(兴发亚洲唯一官方网站c)及36个“全部”(d)基因功能。

这些方法是一种新的识别亚型特异性编码和非编码潜在生物标志物的方法。兴发亚洲唯一官方网站

张,王,Ghoshal T,威尔金斯D,莫YY,陈Y,周Y。(2018) lncRNA基因签名预测乳腺癌固有亚型和预后。 基因(巴塞尔)9 (2)。[ 文章]

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