新工具预测蛋白质和RNA的相互作用

  • CRG研究人员开发全局分数,一种方法,第一次,预测蛋白质与长非编码RNA的相互作用。兴发亚洲唯一官方网站
  • 该算法帮助科学家为实验验证确定绑定伙伴的优先级,这将有助于我们理解长非编码RNA在正常细胞功能和疾病中的作用。兴发亚洲唯一官方网站

不仅仅是阅读人类基因组中的信息,为了充分了解它的工作原理,研究人员的目的是了解这个微小的调节齿轮中所有元素的进出。许多实验室,联盟和项目致力于获得基因组功能区域的全球视野,并了解哪些细胞类型的基因是活跃的。

有趣的是,只有一小部分人类基因组(约2%)含有编码蛋白质的基因,这是细胞的组成部分。剩下的98%对监管很重要,这意味着它参与控制基因何时何地活跃。基因组的大部分产生RNA分子,打电话兴发亚洲唯一官方网站非编码RNA,大小不同,结构和功能。由于不同类型的非编码RNA可以以不同的方式与蛋白质相兴发亚洲唯一官方网站互作用,对他们进行了大量的调查。到现在为止,目前还没有计算工具来处理很长的RNA序列,通过实验方法研究它们是一个巨大的挑战。

在最近发表的一篇文章中自然方法,研究人员在基因组调控中心在巴塞罗那(西班牙)与科学家合作EMBL在蒙特罗顿的网站(意大利)和加州理工学院(美国)引入了一种新的计算工具来预测蛋白质与长非编码RNA的相互作用,兴发亚洲唯一官方网站他们用先进的实验技术进行了验证。

长的非编码R兴发亚洲唯一官方网站NA与各种蛋白质相互作用,介导重要的细胞功能。试图识别这些相互作用可能是一个很好的起点,以便了解这些分子在细胞正常功能中以及在疾病中的作用,”解释说。吉安·加埃塔诺·塔塔格里亚,ICREA基因组调控中心(CRG)的研究教授和本文的主要研究者。

新的计算工具,这叫做全局分数,允许科学家预测沿着非编码RNA的序列,兴发亚洲唯一官方网站蛋白质会建立物理接触。这样做,该算法不仅整合了蛋白质结合特定RNA的全局倾向,而且还整合了这种结合的局部特征。“在预测蛋白质相互作用时,RNA的结构非常重要。我们的主要挑战是能够与RNA序列一起工作,而不管它们的长度如何,以便在寻找蛋白质伴侣时,能够完整地了解它们的结构特性。“戴维德·西里洛补充道,CRG的博士后研究员和论文的第一作者。“我们开发的算法整合了这些信息,使我们不仅可以预测蛋白质伙伴,还可以为实验验证确定它们的优先级。这种方法的进步对于更好地研究长的非编码RNA及其功能至关重要。兴发亚洲唯一官方网站“研究人员总结道。

蛋白质与大RNA相互作用预测的全球评分培训和测试

LNCRNA

)全局评分预测RBP与大RNA的相互作用。()培训(绿色曲线,ROC曲线下面积(AUC)=0.84)和测试(黑色曲线,AUC=0.80)性能。虚线表示随机预测器的性能(AUC=0.50)。(C)转录分析:易相互作用的RBP(连续线)从低读取计数增加到高读取计数,低倾向性RBP(虚线)降低(P值<1030;显示三个RNA;ECRIP分析)。(D)全球评分预测与报告与特定RBP(绿线,p值<0.01时的显著性)。箱线图界限为上、下四分位数;中心线代表中间值,胡须代表最小值和最大值。(e)预测结合位点(top;数字和阴影表示预测的排名)和eclip实验(底部;读取匹配的计数和重要性)。xist串联重复用橙色方框和字母(a,fHBCDE)。核苷酸坐标报告在底部。

这项工作的重点是,再一次,生物信息学和计算生物学对提高知识水平的相关贡献及其在促进和加速生命科学研究中的关键作用。

可利用性-网络服务器,文档,和汇编的独立版本的全球评分可在http://service.tartaglialab.com/new_提交/globalscore.

西里洛DBlanco M阿尔马奥斯岛布尼斯AAvner PGuttman MCerase ATartaglia GG。(2016) 蛋白质与长非编码RNA相互作用的定量预测. NAT方法14(1):5-6。[ 摘要]

源-基因组调控中心

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