RNA研究工具清单

工具
描述
链接
MMSEQ
利用多重映射RNA序列读取的单倍型和亚型特异性表达估计
袖扣/袖扣/袖扣比较
袖扣组装成绩单,估计它们的丰度,以及RNA序列样本中差异表达和调节的测试。
RNASNP
预测单核苷酸多态性对局部RNA二级结构的影响
风险研究
risearch是一个快速的RNA-RNA相互作用搜索程序。
拉纳兹
RNAZ是一个预测结构保守和热动力学稳定的RNA二级结构的程序。
喧嚣
rnaclust是一个Perl脚本,总结了结构化RNA基序聚类所需的所有单个步骤。
开放阅读框寻觅器
ORF查找器是一种工具,它可以查找用户序列中所有可选择的最小大小的打开的读取帧。
PFAM
pfam数据库是一个蛋白质家族的大集合,每一个都由多序列比对和隐马尔可夫模型表示
射频喇曼
RFAM数据库是RNA家族的集合,每个都由多个序列排列表示,共识二级结构,协方差模型
  • 帕帕特河昆德弗朗科PStirparo GG拉特罗尼科MV康多利利G(2013)长非编码RNA:心力衰竭的新参与者? 心血管转复研究杂志[印刷前电子版]。[文章]

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