UPA Seq–利用对紫外交联的不同灵敏度预测功能性lncrnaxf187 PT游戏

虽然大量的长链非编码rna (long noncoding rna, lncrna)是从高xf187 PT游戏等真核生物的基因组转录而来,由于缺乏保守序列基序或结构,对其功能性的系统预测一直是一个挑战。假设一些lncRNas作为大的核糖核蛋xf187 PT游戏白复合物发挥作用,因此在紫外线照射下很容易与蛋白质交联,北海道大学研究人员对紫外照射和氯仿提取(UPA-Seq)后水相中回收的rna进行了RNA-Seq分析。果不其然,在紫外照射下,与已知功能lncrna相对应的UPA-Seq读数明显减少。xf187 PT游戏与编码Eclip数据的比较表明,在紫外光照射下,lncrnas表现出更大的降低,优先与含有朊病毒xf187 PT游戏样结构域(prlds)的蛋白质相关。荧光原位杂交(FISH)分析揭示了新的功能性lncRNA候选基因的核定位,包括在转录位点积累的。研究人员提出,UPA-Seq为lncRNA候选基因的选择提供了一个有用的工具,以便在后续的功能研究中进行深入分析。

UPA-Seq法鉴定新型功能性lncRNA候选基因

LNCRNA(a)HippCulture和hepg2细胞在UV照射下reads随相对丰度变化的ma图(log10 baseMeans)。浅绿色圆点显示显著(fdr<0.05)的折叠变化。xf187 PT游戏橙色圆点表示用于以下鱼类研究的功能性lncrna候选者,深绿色的点代表已知的功能性lncrna。xf187 PT游戏请注意,仅说明具有负2倍变化值xf187 PT游戏的lncrna。(b)紫外照射后功能性lncRNA候选组显著降低(fdr<0.05)。基因分为已知基因(带注释)和带有不同前缀的ID号的未知基因(RP,通用,交流,和铝)。(C,D)FISH图像显示功能性lncRNA候选者(绿色)在HippCulture cells (C)和hepg2 cells (D)中的亚细胞分布。洋红表示核被dapi复染。刻度尺10μm。(e)示意图显示了rab30/rp11-113k21.5位点的基因结构和用于同时检测的探针的位置。注意,检测RP11-113K21.5的探针获得的信号与检测Rab30内含子序列的探针获得的信号密切相关。虚线表示细胞核的位置。规模的酒吧,10μm。(F)18S rRNA半衰期,MALAT1,NETAT1,RP11-113K21.5,RP11-46C20.1,和SNHG1,用bric RT-qPCR测定。注意,功能性lncRNA候选者的半衰期相对较短。

Taiwa K,横井,水户市,藤井裕久K,木村Y,Iwasaki年代,中川美国(2018) UPA-Seq:利用UV交联的差异敏感性预测功能性lncrnaxf187 PT游戏RNA[印刷前电子版]。[ 文章]

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