Urb-Rip–一种免疫沉淀lncRNA和相关RNA/蛋白质的适应性和有效方法xf187 PT游戏

基因表达的转录后调控是一个重要的过程,由mrna和RNA结合蛋白(RNA binding protein, RBP)相互作用介导,兴发亚洲唯一官方网站非编码rna (ncRNA)或核糖核蛋白(RNP)。研究mRNAs转录后调控和长非编码RNA(lncrnas)等ncrnas功能的关键是了解哪些因素与这些转录物相互作用。xf187 PT游戏兴发亚洲唯一官方网站尽管有几种技术可以使转录物富集,无论是mRNA还是NCRNA,其中许多技术在应用中都很麻烦或有限。

这里是来自华盛顿大学医学院提出了一种新的免疫沉淀mrna和ncrna的方法,Urb-RNA免疫沉淀反应(Urb-RIP)。该方法利用“复活的”snrna结合蛋白Urb的RRM1域来丰富包含茎环标记的消息。不同于使用MS2蛋白的技术,它需要大量重复MS2绑定元素,URB撕裂只需要一个阀杆环。这种方法通常可以提供超过100倍的标记消息。使用这项技术,研究人员已经证明了标记的mrna和lncrna的富集,以及mirna和与这些信息结合的rna结合蛋白的富集。xf187 PT游戏他们已经证实,使用Urb-RIP,RNA PolIII转录的lncRNA BC200与polyA结合蛋白的相互作用。

Urb-RIP协议和潜在应用的示意图

lncRNA

Urb-RIP协议的第一步是用SLII-tag标记感兴趣的RNA,如图所示。标记的RNA与未标记的对照在感兴趣的细胞系中与2HA-Urb共表达。经过一段时间的紫外线照射,细胞产生rna -蛋白交联。然后将细胞裂解,并用阻断的抗ha磁珠进行免疫沉淀。然后用合适的方法洗脱和分析RNA或蛋白质。这种方法应适用于mrna和lncrna,并可用于多种洗脱液分析方法。xf187 PT游戏

科特雷尔·卡,Djuranovic年代(2016) Urb-Rip–一种适应性强且有效的RNA和相关RNA/蛋白质免疫沉淀方法《公共科学图书馆•综合》11(12):e0167877。( 文章]

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